Pada tahun 1965, di wilayah Gedongan Moyudan Sleman berdiri sebuah institusi pendidikan dengan nama SMT Pertanian Gedongan. SMT Pertanian Gedongan mempunyai Jurusan Pengolahan Hasil Pertanian. Tidak lama kemudian, sekitar tahun 1974, SMT Pertanian Gedongan membuka Jurusan baru yaitu Jurusan Mesin Produksi. Namun, pada tahun 1977, terjadi perubahan penting dalam manajemen sekolah. Kebijakan baru mengharuskan pemisahan sekolah berdasarkan kelompok mata pelajaran. Hal ini membawa konsekuensi pembentukan dua manajemen pengelola sekolah: SMT Pertanian Gedongan, yang tetap fokus pada Rumpun Pertanian dan Perkebunan, serta Jurusan Teknologi Hasil Pertanian dan STM Mesin Gedongan, yang melekat pada Rumpun Teknik, dengan Jurusan Mesin Produksi. Tahun 1989 terjadi gelombang perubahan, ketika Menteri Pendidikan membuat kebijakan baru tantang Sekolah Menengah Kejuruan (SMK). STM Mesin Gedongan merubah namanya menjadi SMK Muhammadiyah 3 Moyudan. SMT Pertanian dan Perkebunan Gedongan dengan Program Studi Keahlian Teknologi Hasil Pertanian mengubah namanya menjadi SMK Muhammadiyah 1 Moyudan. Tahun 2000 ada kebijakan pemerintah yang membawa dinamika baru di kedua sekolah ini (SMK Muhammadiayh 1 Moyudan dan SMK Muhammadiyah 3 Moyudan) yang berubah adalah struktur Jurusan: SMK Muhammadiyah 1 Moyudan, tetap berada dalam wadah Pertanian dan Perkebunan, dengan Program Studi Keahlian Teknologi Hasil Pertanian. SMK Muhammadiyah 3 Moyudan, memasuki ranah Otomotif, dengan Program Studi Keahlian Teknik Mekanik Otomotif.
Pada tahun 2003, semangat baru menyelimuti SMK Muhammadiyah 1 Moyudan. Program Studi Keahlian Teknologi Hasil Pertanian ditutup dan membuka Program Studi Keahlian Restauran. Tahun 2004, SMK Muhammadiyah 1 Moyudan mengembangkan program baru untuk menjawab tantangan dunia digital yang sedang booming di era 2000an dengan menghadirkan Program Studi Keahlian Teknik Komputer dan Jaringan. Tahun 2006 menjadi tahun yang sangat bersejarah. Setelah ada Persetujuan dari Dinas Pendidikan Pemuda dan Olahraga Kabupaten Sleman, terjadi penggabungan manajemen SMK Muhammadiyah 1 Moyudan dan SMK Muhammadiyah 3 Moyudan, hasil dari penggabungan kedua sekolah ini membentuk sebuah entitas baru yang menentukan arah masa depan, sehingga disepaktilah dari marger tersebut:
Nama Sekolah: SMK Muhammadiyah 1 Moyudan
Bidang Studi Keahlian:
1) Teknologi
2) Pariwisata dan Kerajinan
3) Komputer dan Komunikasi
Program Studi Keahlian:
1) Teknik Otomotif
2) Restauran
3) Teknik Komputer dan Informatika
Kompetensi Keahlian:
1) Teknik Kendaraan Ringan (TKR)
2) Restauran/Jasa Boga/Tata Boga (Kuliner)
3) Teknik Komputer dan Jaringan (TKJ)
Perjalanan ini tak berhenti. Pada tahun 2013, semangat inovasi meluas. SMK Muhammadiyah 1 Moyudan menambahkan dimensi baru yaitu tompetensi keahlian Teknik Sepeda Motor (TSM)
Pada tahun 2017, kesempatan baru muncul. SMK Muhammadiyah 1 Moyudan memperluas sayapnya dalam bidang Pariwisata, yakni kompetensi keahlian Perhotelan (PH)
Kisah ini adalah bukti nyata bahwa sekolah bukan hanya tempat memperoleh ilmu, tetapi juga tempat inovasi, perubahan, dan pembentukan masa depan yang cemerlang
